Nach der Gründung der Freien Universität Berlin wurde die neue Medizinische Fakultät im Westend angesiedelt. Ursprünglich als temporäre Lösung bis zur Fertigstellung der Universitätsklinik in Steglitz gedacht,  führten der große Anstieg von Studierenden sowie auch die Weigerung einiger Professoren, umzuziehen, im Kuratorium der Freien Universität Berlin 1965 zu dem Entschluss, das Westend als zweite Universitätsklinik zu behalten. 1971 erfolgte die Eingliederung des Westends und weiterer kleinerer Kliniken in den Verwaltungsbereich der Freien Universität Berlin sowie die Umbenennung in „Universitätskliniken Charlottenburg“. Detlef Borrmann, der damalige Kanzler, schildert die Übernahme als ein zwar etwas größenwahnsinniges, aber zugleich verblüffend einfaches Unterfangen.